W opinii członków Komitetu Nauk o Sztuce Polskiej Akademii Nauk nie ma potrzeby wprowadzania dodatkowych punktów do ustawy, ponieważ ochrona wolności w uczelniach państwowych jest zapisana w preambule oraz artykule 3, punkt 1 ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, w którym czytamy, że „podstawą systemu szkolnictwa wyższego i nauki jest wolność nauczania, twórczości artystycznej, badań naukowych i ogłaszania ich wyników oraz autonomia uczelni”. Podstawowe gwarancje dotyczące zakazu dyskryminacji oraz swobody wyrażania poglądów znalazły odzwierciedlenie w zapisach Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej (artykuły 32, 53, 54) oraz w statutach polskich uniwersytetów, które działają w myśl zasady wolności badań naukowych i nauczania. Jedyne zagrożenie dla wspomnianych wolności może płynąć ze strony organów zewnętrznych, które naruszają autonomię uczelni, gwarantowaną przez Konstytucję (art. 70). Zagrożenie to pojawia się wraz z dodaniem do ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce nowego artykułu 284a (ust. 5, p. 1), na mocy którego powołuje się ministerialną komisję dyscyplinarną, mającą rozstrzygać o wdrożeniu procedury wyjaśniającej na uniwersytecie, co sprawia, że instytucja publiczna traci sprawczość w kwestiach dotyczących jej pracowników na rzecz organów władzy państwowej.
Wątpliwości budzi również pomysł wprowadzenia do ustawy (artykuły 23, 275, 284) niejasnego pojęcia „światopogląd”. Jak pisał o. Józef Maria Bocheński, światopogląd oznacza system osobistych przekonań, „wraz z uczuciową postawą zajętą w stosunku do nich przez człowieka”, wyróżnia się apodyktyczną pewnością i brakiem wątpliwości co do słuszności wyrażanych sądów. Światopogląd zawiera wyznawane przez nas normy moralne i nie jest związany z poglądami naukowymi, choć każdy uczony występuje w podwójnej roli: „jako człowiek posiadający światopogląd i jako naukowiec, który na temat światopoglądu powinien w zasadzie milczeć” (Jan Woleński). Projektowane poprawki do ustawy prowadzą do błędnego utożsamienia swobody prowadzenia badań naukowych oraz upowszechniania ich wyników z szeroko pojętą wolnością słowa. Uczelnia świecka nie powinna służyć propagowaniu wyznawanego światopoglądu, manifestowaniu przekonań religijnych ani teorii pozbawionych umocowania w nauce, do czego wydają się zachęcać nowe przepisy.